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当产品进入杀菌锅，杀菌锅门被关闭和锁紧的时候，热水罐内的杀菌水通过自动阀门开启进入杀菌锅，开始整个杀菌过程。这种预先编程的过程循环由如下阶段组成：
1、升温阶段
(1) 开启水循环阀门：杀菌软化水通过热水罐进入杀菌锅，使得产品完全被浸泡。
(2) 同时开启循环泵，使得杀菌水往复循环。
(3) 同时打开蒸汽阀门，通过锅内蒸汽扩散管对杀菌软化水加热，达到预定的121℃
(4) 蒸汽的进入升温使电脑通过温度传感器的信号传递出现温度的分布曲线。
(5) 杀菌锅内压力的控制使电脑中出现压力的分布曲线。
(6) 蒸气冷凝水被排放（通过排水阀与液位计）以保持正常的水位。
2、杀菌阶段（保温阶段）：温度和压力是通过自动阀门控制。通过控制蒸气流量来保证温度为121℃，通过控制压缩空气流量来保持恒压。99.99%的纯净蒸气注入与杀菌软化水的往复循环结合可以达到很好的温度分布。水位通过水位探头进行不断的监测，蒸汽冷凝水会通过排水阀的排放保持正常工作水位。温度通过自动的蒸气调节阀被控制在±0.5℃的范围之内。压力通过压缩空气进气阀与排气阀被控制在±0.02Mpa的范围之内。
3、降温阶段（通过降温软化水直接冷却）:降温根据产品外包装的材质不同，可以进行分阶段降温。分阶段降温是为了避免温度突然下降（比如25℃的降温软化水进入杀菌锅给121℃的产品降温）或受到热冲击，避免容器的损坏（如：玻璃瓶、塑料容器)。而软包装和金属容器可以实现直接注入降温软化水降温。冷水阀开启，给水泵启动可以按照预先设定好的温度曲线来快速的冷却产品。同时压缩空气会按照预定的压力曲线来自动的控制。
4、杀菌结束:在降温完成后，释放杀菌锅内的压力，结束信号发出，操作员可以开门出货。
